Las distintas categorías de plaguicidas tienen diferentes tipos de repercusión en los organismos vivos, por lo que es difícil hacer afirmaciones generales. Aunque los plaguicidas tienen sin duda efectos en la superficie terrestre, el principal medio de daños ecológicos es el agua contaminada por la escorrentía de los plaguicidas. Los dos mecanismos más importantes son la bioconcentración y la bioampliación. Los plaguicidas, en general cuando se aplican en dosis normales y racionalmente teniendo en cuenta todos los aspectos incluido el de la posible influencia sobre las aguas subterráneas, en raras ocasiones se encuentran en cantidades anormalmente desproporcionadas y fluyendo sin control en las aguas subterráneas. Sin embargo, un manejo inadecuado de estos compuestos durante su almacenamiento, vertidos accidentales, o aplicaciones inadecuadas, pueden producir importantes contaminaciones locales del agua subterránea. En dichos casos es recomendable que el sistema de control continúe funcionando incluso después de que se haya realizado la rehabilitación completa del sistema hidrogeológico debido fundamentalmente a la persistencia y adsorción de estos productos.
La contaminación del agua subterránea por plaguicidas se puede producir en dos situaciones bastante diferentes: por su utilización en prácticas agrícolas o por vertidos específicos puntuales. Los casos de contaminación extendida se pueden crear cuando se aplican cantidades importantes de plaguicidas a zonas donde el nivel freático está poco profundo, en suelos muy porosos o cerca de fracturas o diaclasas que conectan los acuíferos con la superficie. En estos casos, el muestreo de los pozos ya existentes es el punto de partida del sistema de vigilancia cuando la contaminación por plaguicidas procede de la aplicación de estos a amplias extensiones de terreno, la red de vigilancia y control del agua subterránea debe diseñarse para identificar las fuentes potables "limpias" más que la posible extensión de la contaminación.
Artículo creado por Paula Sanz veterinaria en Novainsectos.