El agua residual generada en este tipo de industria posee altas cargas contaminantes con valores de DQO, DBO5, SS y grasas que hacen necesario un tratamiento eficaz para alcanzar los parámetros de vertido exigidos por la normatividad ambiental vigente.
El problema principal es la gran cantidad de grasas de origen animal presentes que pueden causar problemas de obturación en desagües, estaciones de bombeo, rejillas de entrada y clarificadores primarios, así como de formación de espumas. Otros compuestos del efluente como proteínas y lactosa contribuyen al aumento de la DBO. Además la naturaleza estacional de la industria láctea complica el tratamiento del efluente.

El procedimiento clásico para la depuración de aguas residuales en este sector es el siguiente:
- Pretratamiento para separar sólidos gruesos.
- Tratamiento físico-químico y flotación forzada para eliminar las grasas, restos de detergentes y sólidos en suspensión.
- Tratamiento biológico mediante fangos activos para reducir la contaminación orgánica hasta los valores de vertido.
- Tratamiento terciario o desinfección en caso de reutilización de las aguas.
Se ha visto que un complemento importante para mejorar el funcionamiento de las plantas de depuración de agua residual en las empresas lácteas es la adición de microorganismos, con productos biotecnológicos específicos, como Industrias lácteas y queserías BFL 5000 FG. Consiste en una mezcla de bacterias, hongos y levaduras que tienen la capacidad de degradar grasas, proteínas, lactosa y otros compuestos orgánicos presentes en el efluente, puesto que los utilizan como fuente de carbono y energía. Estos microorganismos tienen un alto rendimiento de crecimiento, de manera que rápidamente se establecen como dominantes en la población biológica y son capaces de producir flóculos que sedimentan bien.
Algunos de los sistemas de depuración donde la adición de estos productos biotecnológicos puede aplicarse son:
- Fangos activados.
- Biotorres.
- Lagunas aireadas.
Son varias las ventajas del uso de la biotecnología en la depuración de aguas residuales procedentes del sector lácteo:
- Alta eficiencia en la eliminación de contaminantes y, por tanto, disminución de los costes energéticos.
- Disminución de los problemas derivados de la estacionalidad.
- Respetuosa con el medio ambiente.